Вы можете получить более одного менеджера сущностей следующим образом:
EntityManagerFactory emf = Persistence.createEntityManagerFactory("name your PU")
EntityManager em = emf.createEntityManager();
...
em.close();
emf.close();
Но я не знаю, хорошее ли решение. Аннотация @PersistenceContext позволяет получить только один менеджер сущностей. Но вы можете попробовать создать один bean-компонент класса / лица без состояния, который будет содержать более одного PU, и взять у него PU, который вам нужен. Может быть, это немного лучше, чем использовать EntityManagerFactory.