Это сложно, и это не ошибка maven или STS.Скорее, это ошибка Eclipse JDT.Пометить вхождения нельзя, если файл класса и все его зависимости не могут быть загружены с использованием пути к классу текущего проекта.Таким образом, должна быть некоторая зависимость, которая отсутствует для рассматриваемого класса.Вероятно, он доступен во время выполнения через maven, но только не во время редактирования.
Очень сложно решить эту проблему, но вы можете начать с явного добавления всех переходных зависимостей в ваш pom.xml.