Как предлагали другие, попробуйте hist, hexbin, plot(density(node)), так как это стандартные методы для работы с большим количеством точек, чем с пикселями.(Мне нравится устанавливать hist с параметром breaks = "FD" - у него, как правило, есть лучшие точки останова, чем по умолчанию.)
Где вы можете найти некоторую радость в использовании пакета iplots, интерактивногосюжетный пакет.Соответствующие команды включают ihist, iplot и другие.Поскольку у вас Mac, более поздняя версия Acinonyx может быть еще веселее.Вы можете увеличивать и уменьшать масштаб довольно легко.Я рекомендую начать с пакета iplots, так как он содержит больше документации и хороший сайт .
Если у вас есть фрейм данных с несколькими переменными, а не только node, тогда вы сможетесвязывание различных графиков таким образом, что точки чистки на одном графике выделяют их на другом, сделает весь процесс более стимулирующим и эффективным.
Это не означает, что вы должны игнорировать hexbin и другие идеи - этовсе еще очень полезно.Не забудьте проверить параметры для hexbin, например, ?hexbin.