Вы не говорите об относительном, поэтому я назову его частичным путем.
Если вы можете быть уверены, что частичный путь является частью вашего полного пути, это простая манипуляция строк:
string fullPath = @"C:\User\Documents\Test\Folder2\test.pdf";
string partialPath = @"C:\User\Documents\";
string resultingPath = fullPath.Substring(partialPath.Length);
Это требует некоторой проверки на наличие ошибок - она потерпит неудачу, если либо fullPath, или partPath имеет значение null, либо оба пути имеют одинаковую длину.