Вы можете сделать следующее-
EDIT-
NSMutableArray *activeControllerArray = [self.navigationController.viewControllers mutableCopy];
[activeControllerArray removeObjectAtIndex:1];
self.navigationController.viewControllers = activeControllerArray;
Также для удаления вы можете создать свою собственную логику, такую как проверка определенного контроллера с помощью метода isKindOfClass, а затем удалить это или все, чтоты хочешь