Нет, это не будет проблемой, если кнопки мыши поменять местами.
Допустим, я перевернул свои кнопки мыши, поэтому, когда я нажимаю левую кнопку мыши, Windows вызывает событие для MouseButtons.Right
и аналогично MouseButtons.Left
при нажатии правой кнопки.