Я бы просто исправил это сейчас. В любом случае вы никогда не должны были писать свои материалы в этот каталог, это нарушает правила. Ваш продукт не будет работать, если к серверу одновременно подключено несколько пользователей, даже до VISTA.
Vista 64-bit обнаружит, что вы 32-битное приложение, и автоматически перенаправит ваши попытки изменить "Program Files" на "Program Files x86". Фактически, это полностью заставляет вас верить, что вы работаете в 32-битной системе (см. здесь ).
Я подозреваю, что в этом слое эмуляции есть дополнительная защита от программ, пытающихся что-то изменить в Program Files. Или, может быть, ACL лучше настроены под 64-битную Vista (или более вероятный уровень эмуляции).
Итог: не делайте то, что вы делаете, Microsoft уже давно говорит нам не делать этого.