Это зависит от того, как он был изначально установлен. Если вы установили phpmyadmin самостоятельно, вы можете просто удалить содержимое. Если он был предустановлен операционной системой (например, Linux), вы должны попытаться использовать встроенный деинсталлятор (apt, yum и т. Д.). Если он поставляется с набором серверов (XAMPP, WAMP и т. Д.), Я бы рекомендовал удалить весь пакет, а затем переустановить без phpmyadmin.