регулярное выражение выглядит хорошо, вы, вероятно, забыли поставить правильные флаги
Javadocs
Если вы хотите использовать заменить, вы должны добавить флаги, добавив их к вашемурегулярное выражение
replaceAll("(?s)\\{\\| class=\"wikitable.*?\\|\\}", "");
Это должно добавить флаг dotall к вашему регулярному выражению