Мне интересно, как вы настраиваете в беглом nhibernate, чтобы сказать, что отношения НЕ должны "обеспечивать ограничения внешнего ключа"
http://gyazo.com/6a1cf3014b0650eb3ff5e05f855abf69
Вы просто устанавливаете ссылку на Nullable?
В FluentNHibernate «NotFound.Ignore ()» может делать то, что вам нужно, например:
References(x => x.Parent).NotFound.Ignore();