Ваш вопрос не так ясен, но я думаю, что вы хотите использовать прогноз:
Pattern p = Pattern.compile("Mar(?=\\w)");
Matcher m = p.matcher("Mary");
String result = m.replaceAll("");
Посмотреть онлайн: ideone
Или вы можете использовать группу захвата:
Pattern p = Pattern.compile("Mar(\\w)");
Matcher m = p.matcher("Mary");
String result = m.replaceAll("$1");
Посмотреть онлайн: ideone