Или:
// Set the value explicitly as a string
$objPHPExcel->getActiveSheet()->setCellValueExplicit('A1', '0029', PHPExcel_Cell_DataType::TYPE_STRING);
или
// Set the value as a number formatted with leading zeroes
$objPHPExcel->getActiveSheet()->setCellValue('A3', 29);
$objPHPExcel->getActiveSheet()->getStyle('A3')->getNumberFormat()->setFormatCode('0000');
Обратите внимание, что в первом случае я вызываю метод setCellValueExplicit (), а не метод setCellValue (). В вашем коде передача PHPExcel_Cell_DataType :: TYPE_STRING в setCellValue () не имеет смысла, а аргумент просто игнорируется.