Как вы, несомненно, знаете из своих запросов, InnoDB в первую очередь лучше, чем MyISAM, для вставок большого объема (не считая несопоставимых функций, таких как внешние ключи или полнотекстовый поиск, которые являются эксклюзивными для InnoDB и MyISAM, соответственно), в то время как MyISAM в первую очередь полезен для таблиц, которые читаются чаще, чем пишутся.
Тем не менее, статья из MySQL Performance Blog , возможно, имеет отношение к вашим конкретным интересам:
Высокая скорость вставки с MySQL и Innodb
В меньшей степени этот вопрос также: MyISAM против InnoDB .
EDIT:
Существует также вебинар о миграции с MyISAM на InnoDB , хотя я не смотрел его. Похоже, что описание имеет отношение к MySQL 5.5, сделав InnoDB по умолчанию, хотя, опять же, возможно, это будет полезно. Вы можете получить доступ к вебинару напрямую на http://blip.tv/file/4905943.