Знаете ли вы какую-либо PHP IDE, способную переименовывать классы и пространства имен и корректно реорганизовывать код (все файлы)?
То же, что и предложение, сделанное @BetaRide. Я использую PHPStorm: http://www.jetbrains.com/phpstorm/ и это, вероятно, одна из лучших IDE, которые я использовал. Проверьте это
Вы пробовали Zend Studio? Это не бесплатно, но она будет реорганизовывать / переименовывать файлы проекта.