да, вы можете использовать пакетный режим.
Для использования пакетного режима элементы 5300 должны храниться непрерывно.
Это означает, что расстояние между соседними партиями составляет 5300.
Вы можете пойти по этому пути:
..........
cufftComplex *host;
cufftComplex *device;
CudaMallocHost((void **)&host,sizeof(cufftComplex)*5300*3500);
CudaMalloc((void **)&devcie,sizeof(cufftComplex)*5300*3500);
//here add the elements,like this:
//host[0-5299] the first batch, host[5300-10599] the second batch ,and up to the 3500th batch.
CudaMemcpy(device,host,sizeof(cufftComplex)*5300*3500,......);
CufftPlan1d(&device,5300,type,3500);
CufftExecC2C(......);
......
Подробнее см. В Руководстве CUFFT.