Трудно сказать, не видя ваш код, но, как дикая догадка, попробуйте эту строку:
[[UIApplication sharedApplication] beginReceivingRemoteControlEvents];
Вставьте в ваш первый метод viewDidLoad контроллера.Дайте мне знать, если это решит проблему для вас.
------ Обновление -----
Еще одна вещь, которую нужно проверить для 5.1, это установить
[[AVAudioSession sharedInstance] setActive: ошибка YES: nil];
перед каждой командой воспроизведения AVAudioPlayer.
Это решило проблему с моим приложением-будильником, которое в 4.x прекрасно звучало во время будильника и начало отключаться в 5.1.Я обнаружил, что установка строки выше перед [AVAudioPlayer play] решила эту проблему для меня.