Ни фильтр Гертцеля, ни БПФ не являются хорошими оценщиками музыкального тона. БПФ является оценщиком частоты, и пиковая спектральная частота отличается от психоакустической высоты (из-за странностей восприятия и физики реальных музыкальных инструментов, таких как отсутствующие или слабые основы).
Поиск в стеке потока алгоритмов оценки музыкального тона. Есть куча.