Добавление тихо игнорировать обновления субмодуля, по словам Клинта, слишком опасно.
Я не знаю, как это сделать с помощью add --patch, но я могу довольно близко подойти с помощью add --edit и сопоставления клавиш vim:
map <Leader>\x :%!sed '/^diff --git/\!{H;$\!d};x;1{$\!d;x};/\nindex[^\n]*160000\n/d'<CR>
while будет отображать \\x
для устранения всех блоков обновлений субмодуля. \!
s в этом - специфичные для vim удары, уберите эти обратные слеши, чтобы использовать sed в другом месте.