Вы, безусловно, можете динамически загружать и запускать библиотеки DLL из файлов XAP (которые являются только файлами ZIP), поскольку именно так работают PRISM и другие модульные системы Silverlight.
Когда вы запускаете стороннее приложение, оно будет жаловаться, что вы уже определили корневой элемент для визуального дерева. Сначала вам нужно разобраться с этим.
Если вы можете избежать других проблем, я предполагаю, что хранилище ISO, скорее всего, будет хранилищем родительского приложения, так как стороннее приложение было загружено в эквивалент его домена приложения.
Обновление
Исходя из ваших комментариев ниже, вы хотите использовать его , скачанный с другого сайта . То, что будет работать только сайт, имеет clientaccesspolicy.xml, который позволяет вам получить файл в первую очередь.
Краткое описание
Приложения Silverlight обычно не предназначены для использования другими приложениями Silverlight. Я не уверен, что вы пытаетесь сделать, но вам лучше получить необходимые компоненты и поместить их в свое собственное приложение.