На самом деле, я уверен, что лучше всего, чтобы ваша система и каталог приложений находились в папке public_html.Примерно так:
- www
- application
- public_html
- css
- images
- js
- index.php
- system
Нет файлов codeigniter, но файл index.php должен находиться в папке public_html.Вам просто нужно указать им index.php, настроив 'system_path' и 'application_folder' в application / config / config.php.
В любом случае безопаснее, чтобы они не были доступны извне.Это также обсуждается в вики codeigniter: http://codeigniter.com/wiki/Moving_your_app_out_of_DOCROOT/