Я не думаю, что вы можете использовать несколько хранилищ ключей для одного и того же сервера. Даже если вы используете пользовательские хранилища ключей / доверенных сертификатов, вы сможете консолидировать все (используя импорт / экспорт для keytool / ikeyman).
На вкладке Сервер -> Протоколы -> Каналы вы можете определить дополнительный порт, используя предпочитаемый протокол SSL (t3s / https / iiops / ldaps), но ваша проблема должна быть решена с помощью только предыдущего предложения.