R закроет устройство, когда процесс R умирает (как это происходит после завершения скрипта). Лучший способ сделать это:
pdf("file.pdf")
plot(1,1)
dev.off()
тогда, когда вы запустите Rscript, он сохранит файл там. В противном случае вам нужно, чтобы R оставался в живых, что не совсем так, как должно выполняться в скрипте.