Py2exe и PyInstaller оба являются оболочками, но вот некоторые различия, которые я заметил,
- Py2exe совместим с python2.4 +, включая python3.0 и 3.1, тогда как PyInstaller в настоящее время совместим с python 2.7 и 3.3–3.5
- Насколько я знаю, Py2exe не поддерживал подпись, тогда как Pyinstaller поддерживает подпись с версии 1.4
- В PyInstaller легко создать один exe, по умолчанию оба создают кучу exe & dll.
- В py2exe проще встроить файл манифеста в exe, полезно для запуска в режиме администратора в Windows Vista и за ее пределами.
- Pyinstaller является модульным и имеет функцию хуков для включения файлов в сборку, которая вам нравится. Я не знаю об этой функции в py2exe.
Надеюсь, это поможет вам в принятии решений.
[Обновление] - Похоже, PyInstaller активно разрабатывается (https://github.com/pyinstaller/pyinstaller/) и выпущен. Py2exe все еще использует sourceforge, и его цикл выпуска очень случайный для pypi, после 2014 года сборка отсутствует, а их код показывает разработку 2017 также (https://sourceforge.net/p/py2exe/svn/HEAD/tree/trunk/py2exe-3/py2exe/). Итак, я рекомендую использовать pyinstaller до тех пор, пока py2exe не стабилизирует цикл выпуска релизов в пользу разработчиков.