Когда вы набираете ./configure, он запускает исполняемый скрипт в текущем каталоге (помеченный .) с именем configure.
Make - это исполняемый файл, обычно расположенный где-то вроде /usr/bin, который использует файл в каталоге для запуска набора команд в зависимости от того, обновлены ли файлы.
Когда вы просто набираете make, ваша оболочка (программа, которая обрабатывает все ваши команды и отправляет их вывод на терминал) будет просматривать все каталоги в переменной среды PATH, чтобы найти исполняемый файл с именем make и запустите первый найденный файл. Но когда вы набираете ./make, вы фактически указываете ему попробовать запустить исполняемый файл в текущем каталоге, который называется make. (Он использует этот подход, а не ищет переменную PATH всякий раз, когда вы вводите / в команду.)
Вы можете использовать . везде, где вы можете использовать обычный каталог для указания того же каталога, например: /usr/bin/././././ совпадает с: /usr/bin. Аналогично, вы можете использовать .. для указания каталога выше, поэтому /usr/bin/../bin/../bin/../lib совпадает с /usr/lib.
Итак, после запуска сценария configure, расположенного в ./, который генерирует так называемый make-файл, вы запускаете общесистемную версию make, расположенную где угодно, просто набрав make, которая использует make-файл для сборки пакета.
Кроме того, вы можете использовать команду which, чтобы узнать, где будет выполняться команда, когда вы вводите команду самостоятельно - например, which make.
(Извиняюсь, если что-то из этого снисходительно, я собирался завершиться. Кроме того, возможно, я злоупотребил тегами кода ...)