Допустим, вы создаете действие контроллера, которое возвращает ваше частичное представление, что-то вроде этого:
public ActionResul get_partial_view()
{
....some logic
return PartialView("partial_view_name");
}
Тогда в вашем представлении, где вы хотите, чтобы появилось всплывающее окно, вы могли бы использовать некоторые jquery для загрузки domэлемент, который будет содержать содержимое всплывающего окна, например:
$.get('/controller_name/get_partial_view', function(html) {
$('#popup-content').html = html;
});