Щелкните правой кнопкой мыши папку -> TortoiseSVN -> Настройки -> Наложения значков -> Исключить пути:
Если в отмеченных подпапках есть зеленые маркеры, возможно, вы извлекли их в подпапку просматриваемой папки.
Есть также некоторые проблемы с кэшированием в TortoiseSVN. TortoiseSVN -> Очистка обычно исправляет это.