Эти сборки на самом деле не используются, и если ваша программа специально не должна быть скомпилирована для 32 или 64-битных (например, из-за взаимодействия с другими dll, которые специально скомпилированы, скажем, 32-битными), тогда не беспокойся об этом. Обычно это просто файлы для ссылки, но не те, которые использует ваша программа. Они просто получают некоторую информацию от них, но во время выполнения обращаются к gac и будут компилироваться на основе 32/64 битной системы или настроек. Так что, если я буду работать на 32-битном IIS, моя программа будет работать. Если я буду работать на 64-битной - моя же программа будет работать как 64-битная.
См
"Рассмотрим приложение .NET, которое на 100% является безопасным кодом. В этом сценарии можно взять исполняемый файл .NET, который вы запускаете на 32-разрядной машине, и переместить его в 64-разрядную систему, чтобы он был у вас. запустить успешно. "
из
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms973190.aspx
примечание - ключом здесь является сейф.