Команда which скажет вам, в каком каталоге установлена ваша программа, и затем вы можете переместить этот файл в корзину.
sudo mv `which <yourProgramName>` ~/.Trash/
Я использовал это, чтобы удалить AVRDUDE из моей установки кросс-пакета, и он работал нормально.Кто-то прокомментировал, что это не избавит от каких-либо дополнительных файлов, которые могли быть установлены в других каталогах, что является правдой, но, надеюсь, эти файлы будут перезаписаны при переустановке.Это работало нормально в моем случае.