Я не думаю, что MapReduce - правильный инструмент;так как ваши массивы отсортированы, вы можете сделать то, что равноценно слиянию, за исключением того, что вместо сбора всех результатов вы сохраняете только те, которые появляются в обоих массивах.Хороший линейный алгоритм.Но так как вы спросили ...
Часть Map MapReduce принимает набор пар (ключ, значение).Поэтому укажите единицу, где каждая пара соответствует элементу в одном из массивов, причем ключом является значение элемента, а значение указывает, из какого массива он получен.Затем уменьшите выбрасывание любого ключа, который не имеет значения из обоих массивов.Я оставлю дело с дубликатами в качестве упражнения.