Не удалось установить R пакет "Rgraphviz" на Mac OS X Lion - PullRequest
Новая
       6

Не удалось установить R пакет "Rgraphviz" на Mac OS X Lion

3 голосов
/ 20 января 2012

Я потратил много времени, пытаясь решить эту проблему, но все равно не повезло. Я пытаюсь заставить Rgraphviz работать с R 2.14.1 на Max OS X Lion

Вот шаги, которые я предпринял для установки и использования Rgraphviz в Mac OS X Lion:

  1. Установлен графвиз через: sudo port install graphviz

  2. Проверено, что установка прошла успешно: pkg-config --modversion libgvc

Результат: 2.28.0 <- Это означает, что все в порядке </p>

Под R 2.14.1

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("Rgraphviz")

Всякий раз, когда я пытаюсь использовать библиотеку, я получаю следующую ошибку 

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'Rgraphviz', details:
call: value[[3L]](cond)
error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.14/Resources/library/Rgraphviz/libs/i386/Rgraphviz.so':
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.14/Resources/library/Rgraphviz/libs/i386/Rgraphviz.so, 6): Library not loaded: /usr/local/lib/libgvc.5.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.14/Resources/library/Rgraphviz/libs/i386/Rgraphviz.so

Check that (1) graphviz is installed on your system; (2) the installed version of
graphviz matches '2.26.3'; this is the version used to build this Rgraphviz
package; (3) graphviz is accessible to R, e.g., the path to the graphviz 'bin'
directory is in the system 'PATH' variable.  See additional instructions in the
'README' file of the Rgraphviz 'source' distribution, available at

Некоторые вещи, которые я замечаю

  • Graphviz, предложенный в файле «help», - это 2.26.3, а graphviz, установленный Mac Ports, - 2.28.0, но, поскольку это более новая версия, я не думаю, что это имеет значение, и к тому же я не могу найти v 2.26.3
  • Ключ предложения (3), по-видимому, ключевой, но я не могу найти / не имею каталог bin в Graphbiz

Также, когда я запускаю locate Rgraphviz.so, результаты не отображаются.

Любая подсказка к решению будет высоко ценится, Большое спасибо!

Ответы [ 2 ]

1 голос
/ 01 мая 2012

Еще одна точка отказа.Если вы использовали Fink для установки graphviz, вы, как и я, можете по-прежнему сталкиваться с отдельными ошибками сборки даже после того, как вы используете аргументы конфигурации для указания на graphviz, которые теперь выглядят так: 

R CMD INSTALL --configure-args='--with-graphviz=/sw' Rgraphviz_1.34.0.tar.gz

Установка не удастсяошибки компоновки для LL_funcs.c, потому что он ищет библиотеки, которые не устанавливаются, если вы также не установили graphviz-dev.Вы увидите это: 

In file included from LL_funcs.c:1:
common.h:31:17: error: gvc.h: No such file or directory
common.h:32:22: error: gvplugin.h: No such file or directory
common.h:35:20: error: gvcext.h: No such file or directory
common.h:39:20: error: gvcjob.h: No such file or directory

, за которым, конечно же, последует множество других ошибок сборки.Только обязательно 

fink install graphviz-dev
1 голос
/ 15 февраля 2012

Спасибо за окончательный ответ, мне кажется, что установка работает!(Я все еще должен проверить, что пакет работает должным образом).Просто быстрое наблюдение: Graphviz был установлен в / usr / local на моей машине, поэтому указанную выше команду нужно было вводить следующим образом: 

sudo R CMD INSTALL --configure-args='--with-graphviz=/usr/local' Rgraphviz_1.32.0.tar.gz
...