Являются ли файлы, которые получают перезаписанные результаты сборки? Как правило, вы не должны передавать скомпилированные двоичные файлы в систему контроля версий.
Возможно, вам придется немного изменить способ настройки проекта, но вы можете использовать файл .gitignore, чтобы указать файлы или каталоги, которые не следует отправлять в git. Вы можете либо отправить этот файл в git, что сделает параметры игнорирования глобальными, либо оставить его локальным для этой машины непрерывной интеграции.
Базовый .gitignore ( Источник ):
# Can ignore specific files
.DS_Store
# Use wildcards as well
*~
*.swp
# Can also ignore all directories and files in a directory.
tmp/**/*
Другим хакерским вариантом является резервное копирование файлов, которые вы изменяете перед сборкой, и восстановление их после завершения сборки. Таким образом, у вас никогда не будет локальных изменений, не синхронизированных с веткой.