Поведение определяется в конфигурации GORM
Как правило, по умолчанию для разработки используется drop-create, которая удаляет весь контент и воссоздает таблицы.
В более стабильных выпусках update может быть хорошим параметром, зная, что Hibernate предпочитает терпеть неудачу в этом конфликте.
Как всегда, я бы порекомендовал сделать резервную копию БД перед выполнением такой операции на опытных и производственных системах.