Если ваш клиент WCF использует конечную точку protobuf-net, значит, он не использует SOAP? Я не могу сказать, что лично использовал protobut-net, но я понял, что это альтернатива SOAP. В основном, посмотрите на протокол, который он использует, и реализуйте тот же протокол, что и сервлет. Я ожидаю, что это будет достаточно просто, если честно.
Если это работает, и вы можете предоставить сервлет в качестве открытого источника, я подозреваю, что вы не единственный, кто хотел бы сделать это:)