Для каждого модуля требуется один и только один Android.mk. Если все, что у вас когда-либо есть, это один модуль в вашем собственном приложении, Application.mk является избыточным (однако есть несколько вещей, которые могут контролироваться Application.mk, только если вы отклоняетесь от поведения по умолчанию). Однако, если у вас много модулей, то есть много файлов Android.mk в вашем проекте, тогда Application.mk может быть полезен для обеспечения настроек всего приложения, которые применяются ко ВСЕМ модулям.