Вы должны использовать кодировку символов для вывода, которая поддерживает символы, которые есть в именах ваших файлов. Я рекомендую вам использовать UTF-8 , поскольку он может кодировать любой символ Юникода .
Так попробуйте это:
// set the MIME type and character encoding
header('Content-Type: text/html;charset=utf-8');
$files = glob('*');
foreach ($files as $file) {
echo $file, '<br>';
}