Если обе машины имеют одинаковую версию 64-битного Linux на процессоре x86-64, то вам не нужен какой-либо специальный код или параметры «переносимости». Бинарные форматы этих двух машин по определению идентичны. Если один компьютер может загрузить архив, другой - тоже.
Это не гарантируется, но, как правило, верно для разных ОС, если базовое оборудование одинаково. (То есть 64-битные окна на x86-64 должны иметь возможность загружать архив, созданный на 64-битном Linux x86-64.)
Если процессоры разные, то вам нужно будет использовать «портативный» формат архива. Текстовые архивы Boost.Serialization должны быть переносимыми, потому что преобразование в непереносимое двоичное представление выполняется из текста в архиве во время загрузки.