Вы можете определить сервисы из своего репозитория, об этом есть рецепт кулинарной книги на сайте Symfony 2. Затем вы можете внедрить другие сервисы, используя сеттеры и подключив их в конфигурации контейнера.
В любом случае, я бы постарался сохранить классы репозитория настолько простыми, насколько это возможно (скажем, они должны обеспечивать только общий доступ к данным) и внедрить их в другие сервисы, если мне нужно больше абстракций для сложных операций.