Ваш вопрос не ясен. Вы хотите вызывать функцию javascript одновременно, когда выполняется код, стоящий за кодом? Если это так, то это невозможно.
Javascript работает на стороне клиента, а код работает на стороне сервера. Элемент управления находится на стороне клиента или на стороне сервера, он не может быть одновременно на обеих сторонах.
Что делает ScriptManager.RegisterStartupScript
, так это то, что во время загрузки документа в ваш браузер он добавляет блок скрипта внизу вашей страницы. Это позволит вам вызывать этот недавно добавленный код javascript из кода javascript на вашей странице. Это позволяет вам создавать собственный код javascript в бэкэнде и загружать его для загрузки страницы.
Если есть какой-то другой сценарий, пожалуйста, уточните.