Я недостаточно знаком с sqlite, чтобы знать, доступны ли такие же конструкции, но вы также спрашивали о Postgres. Итак ... с Postgres я бы использовал команду COPY FROM для импорта данных в промежуточную таблицу. Тогда я бы запустил следующий SQL:
UPDATE destination d
SET [whatever you are updating]
FROM staging s
WHERE d.id = s.id
INSERT INTO destination
SELECT * FROM staging s
WHERE s.id NOT IN (
SELECT id FROM destination
)