Вы можете использовать Configuration.AddResources(IEnumerable<string> paths, Assembly assembly)
и указать желаемый список сопоставлений, выполнить собственную фильтрацию, если вы настаиваете на том, чтобы сопоставления были встроены в одну сборку. В противном случае я бы порекомендовал ответ Серхио.
Вы можете использовать статический метод в классе Configuration для возврата списка доступных сопоставлений в сборке, затем вы можете удалить те, которые вам не нужны:
var mappings = Configuration.GetAllHbmXmlResourceNames(assembly);
// TODO: filter mappings
cfg.AddResources(mappingsFiltered, assembly);