Контроллеры
Все зависит от характера приложения, но в целом ответом является NO у вас не должно быть «одного довольно большого контроллера».
Чем больше вы разбиваете приложение на более мелкие части, тем проще его поддерживать.
Модели
Непосредственно из документов Codeigniter
Модели - это классы PHP, предназначенные для работы с информацией в вашей базе данных.
Ответ - да, вы должны использовать только модели для взаимодействия с данными.
Мне кажется забавным, что вы на самом деле ответили себе
"... или я могу поставить 'helper' также работает там, ... "
Бывает, что в Codeigniter есть средство, которое обрабатывает этот тип функций ...
Помощники Codeigniter