SVN, как и любая другая система управления исходным кодом, может также обрабатывать двоичные файлы. Это не должно создавать проблемы.
Убедитесь, что файл не находится под .svn-ignore
или другим подобным флагом игнорирования. Убедитесь, что все другие свойства SVN, которые определяют файл, установлены правильно.