Я думаю, что вы ошибаетесь в этом. Вы можете иметь несколько приложений Zend Framework на одном и том же имени хоста. То есть Я использовал несколько установок magento на моем сервере, чтобы попробовать что-то. Насколько я знаю, у Zend нет фиксированной файловой структуры (одна из причин моего выбора фреймворка)
Вы можете даже поместить Zend Library вне папки webroot и вызвать ее примерно так:
$lib = realpath(dirname(basename(__FILE__)) . '/../../../lib');
set_include_path(get_include_path() . PATH_SEPARATOR . $lib);
$rootDir = dirname(dirname(__FILE__));
define('ROOT_DIR', $rootDir);
set_include_path(get_include_path()
. PATH_SEPARATOR . ROOT_DIR . '/library/'
. PATH_SEPARATOR . ROOT_DIR . '/app/models/'
);
include 'Zend/Loader.php';
spl_autoload_register(array('Zend_Loader', 'autoload'));
// Load configuration
Zend_Registry::set('configSection', $configSection);
$config = new Zend_Config(new Zend_Config_Ini(ROOT_DIR.'/application/config.ini', $configSection));
Zend_Registry::set('config', $config);