Вы, вероятно, можете отключить использование внешней утилиты (например, если в вашей системе они не установлены), используя псевдостолбец 0.
см. help plot datafile using pseudocolumn
Попробуйте что-то вроде:
LINEMIN=1000
LINEMAX=2000
#create a function that accepts linenumber as first arg
#an returns second arg if linenumber in the given range.
InRange(x,y)=((x>=LINEMIN) ? ((x<=LINEMAX) ? y:1/0) : 1/0)
plot "filename.txt" using (InRange($0,$1)):2 with lines
(протестировано на Gnuplot 4.4.2, Linux)