Для этого можно использовать API javax.xml.validation .
SchemaFactory sf = SchemaFactory.newInstance(XMLConstants.W3C_XML_SCHEMA_NS_URI);
URL schemaURL = // The URL to your XML Schema;
Schema schema = sf.newSchema(schemaURL);
Validator validator = schema.newValidator();
DOMSource source = new DOMSource(xmlDOM);
validator.validate(source);
Пример ниже демонстрирует, как проверить объектную модель JAXB по схеме, но вы увидите, что JAXBSource легко заменить DOMSource для DOM: