Полагаю, вы говорите о инструменте командной строки , который генерирует классы и прокси из аннотаций. Вообще инструмент не очень хороший. У него много проблем с наследованием, и, кажется, с составными ( не двойными ) ключами в вашем случае.
Попробуйте исправить аннотации в ваших классах сущностей вручную, не используйте инструмент. Если вы хотите использовать его так плохо, сгенерируйте все только в первый раз, исправьте ошибки, которые инструмент не может устранить, и забудьте о том, что этот инструмент когда-либо существовал:)
Btw. Хотя Doctrine поддерживает составные ключи, их использование не рекомендуется. Так что не используйте их, если они действительно не нужны. См. документацию .