Установите путь для него не как статический URL, а получите страницу ASPX для обслуживания сценария. Внутри страницы ASPX просто отправьте обратно текст:
byte[] javascriptTextBuffer = GetMyJavascript();
Response.ContentType = "text/javascript";
Response.Write(javascriptTextBuffer);
Внутри страницы отключить кеширование .
Сказав это, мне кажется, что вы делаете что-то не так, что приходится каждый раз загружать файл JavaScript. Сделать сценарии статичными, но использовать параметры для обеспечения универсальности.