быстро и грязно:
когда вы хотите заблокировать - переименуйте таблицу:
RENAME TABLE old_table TO backup_table
и после того, как вы закончите - переименуйте его обратно:
RENAME TABLE backup_table TO old_table
Конечно, вам придется отлавливать ошибки в вашем Приложении и обрабатывать «Таблица 'tbl_name' не существует» как «доступ запрещен».