Хорошо, я полагаю, вы перепутали пару вещей. Eclipse не заменяет, не обновляет и не настраивает ничего с настройкой вашего сервера. Все, что вы задали в качестве своего «проекта» в Ecplise, известно только Eclipse. Следовательно, вы можете назвать свой проект и (не совсем верно, но) более или менее структуру каталогов, где и как вы хотите. Ваш проект "testphp" - это вещь между вами и Ecplise, а не IIS7. IIS7 не знает Ecplipse и заботится только о том, что находится в его каталоге wwwroot.