Когда я запускаю
rm -r trunk | yes
Я пытаюсь ответить «да» всем одной командой.
Как вы можете ответить «да» на все вопросы?
У вас это задом наперед, правильный путь:
yes | rm -r trunk
Но лучше всего было бы, чтобы rm не спрашивал вас с:
rm
rm -rf trunk